小程序的微信支付需要单独申请，但是有两种情况，一种用手机站+小程序功能；一种单独开通小程序；
（手机站+小程序）的微信支付：小程序关联手机站对接的认证服务号，认证服务号申请好微信支付，小程序也需要单独认证、申请微信支付，申请的时候申请类型选择“绑定已有商户号开通微信支付”，如图：
申请好之后直接在手机网站后台配置好微信支付，小程序、手机站都可以直接使用微信支付方式了。
（单独开通小程序）微信支付：单独申请小程序账号后去进行认证、申请微信支付，流程和公众号微信支付的申请是相同的。小程序微信支付申请教程：http://kf.qq.com/faq/140225MveaUz161230yqiIby.html
申请好微信支付后。按照网站微信支付的配置教程来操作配置就可以正常使用的（单独配置小程序的微信支付不需要设置支付授权目录）微信支付配置教程：http://admin.dlszywz.cn/help_detail.php?id=1714928&channel_id=12401788&parent_id=620063
help_detail.php?id=1714928&channel_id=12401788&parent_id=620063
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